菌落計數儀可協助操作者計數菌落數量。通過放大，拍照，計數等方式準確的獲取菌落的數量。有些高性能的菌落計數器還可連接電腦完成自動計數的操作。有了菌落計數器這種儀器，用戶就不必為這項復雜的操作費心了，它可廣泛應用在每個生物實驗室中。菌落計數儀基本操作一般包括：樣品的稀釋--傾注平皿--培養48小時--計數報告。
    1．操作方法：培養到時間后，計數每個平板上的菌落數。可用肉眼觀察，必要時用放大鏡檢查，以防遺漏。在記下各平板的菌落總數后，求出同稀釋度的各平板平均菌落數，計算處原始樣品中每克（或每ml）中的菌落數，進行報告。
    2．到達規定培養時間，應立即計數。如果不能立即計數，應將平板放置于0－4℃，但不得超過24h。
    3．計數時應選取菌落數在30~300之間的平板（SN標準要求為25~250個菌落），若有二個稀釋度均在30~300之間時，按國家標準方法要求應以二者比值決定，比值小于或等于2取平均數，比值大于2則其較小數字（有的規定不考慮其比值大小，均以平均數報告）。
    4．若所有稀釋度均不在計數區間。如均大于300，則取zui高稀釋度的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如均小于30，則以zui低稀釋度的平均菌落數乘稀釋倍數報告之。如菌落數有的大于300，有的又小于30，但均不在30~300之間，則應以zui接近300或30的平均菌落數乘以稀釋倍數報告之。如所有稀釋度均無菌落生長，則應按小于1乘以zui低稀釋倍數報告之。有的規定對上述幾種情況計算出的菌落數按估算值報告。
    5．不同稀釋度的菌落數應與稀釋倍數成反比（同一稀釋度的二個平板的菌落數應基本接近），即稀釋倍數愈高菌落數愈少，稀釋倍數愈低菌落數愈多。如出現逆反現象，則應視為檢驗中的差錯（有的食品有時可能出現逆反現象，如酸性飲料等），不應作為檢樣計數報告的依據。
    6．當平板上有鏈狀菌落生長時，如呈鏈狀生長的菌落之間無任何明顯界限，則應作為一個菌落計，如存在有幾條不同來源的鏈，則每條鏈均應按一個菌落計算，不要把鏈上生長的每一個菌落分開計數。如有片狀菌落生長，該平板一般不宜采用，如片狀菌落不到平板一半，而另一半又分布均勻，則可以半個平板的菌落數乘2代表全平板的菌落數。
    7．當計數平板內的菌落數過多（即所有稀釋度均大于300時），但分布很均勻，可取平板的一半或1/4計數。再乘以相應稀釋倍數作為該平板的菌落數。
    8．菌落數的報告，按國家標準方法規定菌落數在1~100時，按實有數字報告，如大于100時，則報告前面兩位有效數字，第三位數按四舍五入計算。固體檢樣以克（g）為單位報告，液體檢樣以毫升（ml）為單位報告，表面涂擦則以平方厘米（cm2）報告。