天氣變化會直接影響到食品安全，長時間的存放空氣之下，易產生各種菌落問題。菌落計數分析儀可以對微生物的菌落計數和計算、抗生素的抗菌性測試和菌種篩選等。菌落是指細菌在固體培養基上生長繁殖而形成的能被肉眼識別的生長物，它是由數以萬計相同的細菌集合而成。菌落總數具有兩個方面的食品意義，其一作為食品被污染，及清潔狀況的標志；其二可用來預測食品的可能存放的期限。菌落總數在菌落計數分析儀測定過程中應注意以下幾個方面：
1、培養溫度。不同食品含有細菌種類不同，即引起食品新鮮度下降的細菌種類不同。溫度不同，細菌生長速度不一樣。通常將細菌按生長溫度的要求劃分為嗜冷菌、嗜溫菌和嗜熱菌。
2、培養時間。根據不同類型的細菌，其培養時間也不相同。嗜冷菌：20-25oC、5-7，5-10oC、10-14天；嗜溫菌：30-37oC、24或48±3小時；嗜熱菌：45-55oC、2-3天。
3、樣品中細菌要均勻分布。在進行樣品稀釋時，必須充分地混勻樣品，否則檢驗結果有較大的差異。
4、不是所有的食品都規定有細菌總數指標。如發酵食品。
5、細菌總數反映的不是食品中全部的微生物。自然界中的細菌種類很多，各種細菌的生理特征和所要求的生活條件不盡相同，但異養、中溫、好氣性細菌占多數。所以實際工作中只用一種常用的營養瓊脂來測定樣品中的菌落數。因此，嚴格地說，這種方法所得到的結果，是一些能在營養瓊脂上生長的好氧細菌的菌落總數。